HMDB代谢物信息一键批量获取工具：快速获取代谢组学数据

原文地址：https://itxiaozhang.com/hmdb-metabolite-batch-extraction-tool/
本文配合视频食用效果最佳，视频版本在文章末尾。

功能特性

• 支持批量查询HMDB代谢物信息
• 自动提取关键信息，包括：
  • 代谢物描述
  • 超类(Super Class)
  • 类别(Class)
  • 子类(Sub Class)
  • 来源(Disposition)
  • 内源性(Endogenous)
  • 组织定位(Tissue Locations)
  • 相关ID(KEGG、ChEBI、METLIN)
• 支持正负离子模式搜索
• 自动导出CSV格式结果
• 内置日志记录功能

使用方法

1. 准备输入文件：

   • 创建id.txt文件
   • 每行输入一个HMDB ID
   • 示例格式：

   HMDB0013302
   HMDB0000562
   HMDB0000097

2. 运行程序：

   • 直接运行可执行文件或Python脚本
   • 程序会自动读取id.txt中的HMDB ID
   • 开始批量获取代谢物信息

3. 查看结果：

   • 程序运行完成后会生成metabolite_data.csv文件
   • 使用Excel或其他表格软件打开查看结果
   • 同时会生成日志文件记录运行过程

输出示例

程序会生成包含以下字段的CSV文件：

• HMDB ID
• Description
• Super Class
• Class
• Sub Class
• Disposition_source
• Endogenous
• Biological Properties_Tissue Locations
• KEGG Compound ID
• ChEBI ID
• METLIN ID

注意事项

1. 确保网络连接稳定
2. 输入文件格式需要严格遵循要求
3. 大量数据查询可能需要较长时间，请耐心等待
4. 建议定期检查日志文件了解运行状态

依赖环境

• Python 3.6+
• requests
• lxml
• logging

视频版本

• 哔哩哔哩
• YouTube

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