HMDB离线数据库转换为Excel表格
介绍HMDB All Metabolites离线数据库转换过程,将hmdb_metabolites.xml数据转换为CSV,保留Metabolite ID、Common Name等指定字段。
介绍HMDB All Metabolites离线数据库转换过程,将hmdb_metabolites.xml数据转换为CSV,保留Metabolite ID、Common Name等指定字段。
使用 Python 基于离线 HMDB XML 数据库,根据 HMDB ID 批量提取 Chemical Taxonomy 分类信息,并解决 CSV 输出 PermissionError 权限错误问题。
客户提供数万条 HMDB 代谢物 ID,需要批量判断 Status 是否为 Detected and Quantified,以及是否为 Endogenous。通过 Python 自动化处理 ID 清洗、字段匹配与结果输出,替代人工逐条查询,提高处理效率并减少错误。
从 HMDB XML 构建 Kidney 相关 HMDB ID 命中集合,再批量过滤 Excel(.xlsx)并导出 CSV,保持原有列结构与顺序不变,同时输出统计与未命中列表。