离线HMDB数据库XML文件转换为CSV格式

HMDB数据库提供约845MB的XML数据文件,包含65000多条化合物记录。由于XML结构无法直接用于分析软件,需要解析文件并提取HMDB ID、名称、分子式、质量、SMILES、保留时间及MS/MS信息,整理为CSV表格数据。

2026年3月11日 · 2 分钟 · IT小章

自动抓取 HMDB 外源性代谢物食物来源工具

自动化抓取 HMDB 数据库中代谢物外源性来源,生成 CSV,便于科研与食物-代谢物关联分析。

2025年12月27日 · 1 分钟 · IT小章

HMDB代谢物信息一键批量获取工具:快速获取代谢组学数据

这是一款专为代谢组学研究设计的Python自动化工具,能够从HMDB数据库批量获取代谢物信息,包括物质分类、组织定位和相关数据库ID等关键信息,大幅提升数据收集效率。

2025年5月15日 · 2 分钟 · IT小章

利用Python从HMDB数据库批量提取质谱数据中的化合物信息

本工具通过Python脚本,利用质谱数据中的质量数,从HMDB数据库批量提取化合物信息,包括HMDB ID、常用名称、化学式及结构图片,并将结果导出为CSV文件,极大提升代谢物注释效率。

2025年5月8日 · 2 分钟 · IT小章